A bajai múzeum több mint 40 000 darabot számláló régészeti gyűjteményében igen jelentős a népvándorlás kori és az avar leletanyag. E gyűjtemény őrzi az Európában eddig egyetlen, teljes egészében feltárt szarmata temető leleteit.

Észak-Bácskában a magyarok mellett több nemzetiség is él: bunyevácok, sokacok, németek, akiknek sokszínű népviselete a textilgyűjteményben tükröződik. Különösen jelentős a bajai kismesterségek, kisiparos műhelyek múzeumunkban őrzött eszközkészlete. Országosan, sőt nemzetközileg is ismert és elismert népi halászati gyűjteményünk.

A történeti gyűjteményben elsősorban a város történetére vonatkozó tárgyak találhatók. A gazdag céhes relikviák mellett egyedülálló értéket képvisel a festett lövésztábla-gyűjtemény, mely közel 50 darabot számlál.

A képzőművészeti gyűjtemény a már említett, Nagy István-kollekció és az Oltványi-gyűjtés mellett a kortárs magyar képzőművészet jelentős alkotásait is őrzi.

Az Éber Emlékház gyűjteményében id. Éber Sándor, ifj. Éber Sándor és Éber Anna rajzain, festményein, szobrain kívül az Éber család több évtizeden keresztül gyűjtött értékes helytörténeti, irodalomtörténeti dokumentumait, a bácskai, sárközi vidékről származó néprajzi, népművészeti régészeti gyűjtésük tárgyait őrizzük.

A könyvtár és adattár az Észak-Bácska történetére vonatkozó kutatásokhoz nyújt segítséget.

A Türr István Múzeum gyűjteményeit négy kiállítóhelyen (Türr István Múzeum, Nagy István Képtár, Éber Emlékház, Bunyevác Tájház) hat állandó kiállítás keretében tekintheti meg a látogató: Baja 300 éve város, Néprajzi csoportok Baja környékén, Élet a Dunán, Nagy István művészete, Éber Sándor, ifj. Éber Sándor és Éber Anna művészete, Baja környéki bunyevácok építészete és lakáskultúrája a 20. század elején címmel. Az állandó kiállítások mellett 2011-ben hét időszaki kiállítást rendez a bajai Türr István Múzeum.